En el año 2010 se creó la Global Young Academy (GYA) a iniciativa de científicos e investigadores jóvenes de todo el mundo que se reunieron en los años 2008 y 2009 durante los “Annual Meeting of the New Champions”, conocidos como “Summer Davos”. Estas reuniones anuales son organizadas por el World Economic Forum conjuntamente con el InterAcademy Partnership (IAP). Uno de los objetivos de la GYA es promover la creación de Academias Jóvenes Nacionales en todo el mundo.

En enero de 2014, la Real Academia de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales (RACEFN), en colaboración con los miembros españoles de la GYA, organizó un acto celebrado en el Instituto de España (IdE) que se tituló “La Primavera de las Academias Jóvenes”. En dicho acto se informó de la iniciativa de creación de una Academia Joven en España por parte de una comisión gestora formada por los académicos españoles de la GYA. Dicha comisión presentó en febrero de 2015, ante el entonces denominado Ministerio de Educación, Cultura y Deportes, la solicitud formal de creación de la Academia Joven de España (AJE).

Tras darse cumplimiento a los trámites legales correspondientes, el Consejo de Ministros del Reino de España, a propuesta del Ministro de Ciencia, Innovación y Universidades, aprobó el Real Decreto 80/2019, de 22 de febrero (publicado en el Boletín Oficial del Estado el 26 de marzo de 2019), por el que se crea la AJE. El acto de toma de posesión de los académicos fundadores y la reunión de constitución de la AJE tuvieron lugar el día 29 de mayo de 2019, en la sede de la Secretaría de Estado de Universidades, Investigación, Desarrollo e Innovación.

La Academia Joven de España está vinculada a la GYA y trabaja estrechamente con el resto de Academias Jóvenes de todo el mundo.

Miembros de la AJE junto al Ministro de Ciencia, Innovación y Universidades, Pedro Duque, y a la Secretaria de Estado de Universidades, Investigación, Desarrollo e Innovación, Ángeles María Heras Caballero.